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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# Ubiquitin in generalized Born implicit solvent


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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#structure          ionized.psf

parmfile comb.prmtop
coordinates        comb.pdb
#ambercoor comb.inpcrd
set inputname out_equil
bincoordinates $inputname.coor
binvelocities $inputname.vel
extendedSystem $inputname.xsc

set temperature    310
set outputname     out_production_cycle01

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
amber on

rigidBonds          all  ;#Let the hydrogens wiggle during minimization.
useSettle           on
rigidTolerance      1.0e-8
cutoff              9.0
pairlistdist        11.0
switching           off
exclude             scaled1-4
readexclusions      yes
1-4scaling          0.8333333
scnb                2.0
zeromomentum        on
ljcorrection        on
watermodel          tip4



#temperature         $temperature


# Force-Field Parameters

# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 1fs/step
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


wrapWater on
wrapNearest on

PME yes
PMEGridSpacing 1.0

useGroupPressure yes
useFlexibleCell no
useConstantArea no

langevinPiston on 
langevinPistonTarget 1.01325
langevinPistonPeriod 100.0
langevinPistonDecay  50.0
langevinPistonTemp   $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             500
xstFreq             500
outputEnergies      500
outputPressure      5000



colvars on
colvarsConfig ends.col

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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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#100 ns
numsteps 50000000